Per rimuovere le proteine (e talora anche altri tipi di depositi) dalla superficie delle lenti, si utilizzano, normalmente, degli enzimi particolari detti "proteolitici".
Le proteine che provengono dalle lacrime, soprattutto il lisozima, si legano alla superficie delle lenti, in particolare se si tratta di lenti morbide, come sottili film o come depositi più concentrati.
Gli enzimi proteolitici spezzano i legami tra le proteine e perciò provocano la loro rottura, facilitando in tal modo la loro eliminazione da parte dei detergenti, dello sfregamento e del risciacquo.
Con le lenti a contatto, normalmente, gli enzimi che vengono utilizzati sono di tre tipi: la pancreatina, la papaina o la subtilisina.
Un enzima proteolitico può essere utilizzato separatamente dagli altri atti di manutenzione, sciogliendo una compressa in un predefinito volume di soluzione salina sterile, e lasciando quindi le lenti in immersione per un prefissato quantitativo di tempo in questa soluzione. Le lenti vengono tolte dagli occhi, trattate con l'enzima e quindi disinfettate, pulite e sciacquate.
La rimozione proteica va effettuata una volta a settimana. Attualmente sono disponibili dei prodotti di utilizzo molto semplice, in cui l'enzima viene sciolto direttamente nella soluzione disinfettante, nello stesso contenitore portalenti, senza passi aggiuntivi.

Numerosi depositi si formano sulla superficie delle lenti soprattutto se morbide.
Questi depositi possono essere di tipo proteinaceo, cristallino, lipidico (dovuti al film lacrimale stesso), o esterni, come quelli che derivano dall'ambiente o dall'applicazione di cosmetici. Le lenti a contatto, la sera, dovrebbero sempre essere pulite prima della disinfezione.
Questo diminuisce la quantità di muco, proteine, detriti e microrganismi eventualmente presenti e prepara la lente alla disinfezione. Risulterà, in tal modo, notevolmente inferiore il numero di microrganismi che la soluzione disinfettante dovrà distruggere.
La pulizia, strofinamento e risciacquo, sono passi fondamentali e fanno parte integrante della disinfezione, dal momento che riducono l'accumulo e la crescita microbica.
La sola detersione delle lenti riduce il numero di microrganismi presenti su una lente del 90% e, con il risciacquo, questi si riducono di più del 99%.